遺伝子発現データ (マイクロアレイ, RNA-seq) を行うために必要な知識の紹介です。
発現変動遺伝子 (DEGs) に関連して
- ratio, fold-change (FC), logFC: 2倍の発現変動は、logFC だといくつ?log変換を理解できていますか?
- 繰り返し実験のばらつき(1) , (2):遺伝子発現データ (マイクロアレイ, RNA-seq) はばらつきやすい?ratio のみで判断するリスクとは。
- ヒートマップとクラスタリング図:クラスタリングって何をしているの?
アノテーション (GO) 関連
- アノテーションとは?:よく聞くけど、具体的には?
- Gene Ontology (GO) とは?
- GOの分類
- GOの階層構造
- GOの得意な点、不得意な点:metastasis は GO にない。
- GO解析(1): Gene Ontology (GO) を使う意味とは。
- GO解析(2): GO解析の考え方。
- アノテーションの問題:GO解析の結果、「炎症系の遺伝子が増加していた」=「炎症反応が亢進した」とは限らない。
パスウェイ関連
- パスウェイとは?
- パスウェイデータベースとは?:KEGG, IPA, WikiPathways, etc.
- パスウェイの作成方法の違い:キュレーター or 自然言語処理(人力 or 機械)
- パスウェイ解析とは?
- パスウェイに色づけする:パスウェイ解析の結果の表示方法。
- KEGGパスウェイに色づけ(1): KEGG Mapper の例。ratioで色づけ。
- KEGGパスウェイに色づけ(2): KEGG WebLinks の例。
- KEGGパスウェイに色づけ(3): 指定した色にならないのはなぜか?
- 対象の遺伝子を含むパスウェイは?
- パスウェイやネットワークの持つ情報の制約:あるパスウェイを制御する遺伝子は、どこに書いてある?
- 上流解析に利用できる情報:パスウェイに表された情報の種類と、入手のしやすさについて。
ヒートマップ
ヒートマップの色が何を意味するか知っていますか?リンク先を参照。