log fold-change (=logFC or log ratio) の算出方法の確認(解答)

前投稿の解答です。WT と KO に、それぞれ具体的な値を入れてみると、分かりやすいかもしれません。

たとえば、WT = 128, KO = 256 であったとします。ratio = KO/WT なので、 256/128 = 2 となり、通常の ratio は、2 です。つまり、2倍に増加したことになります。では、logFC では、どうでしょうか?

  1. 先に log2 変換するので、式で書くと、 log2(KO) / log2(WT) となります。log2(256) = 8, log2(128) = 7 なので、logFC = 8/7 = 1.142 ?? 間違いです。
  2. 後で log2 変換するので、式で書くと、 log2(KO/WT) となります。 log2(256/128) = log2(2) = 1 で、正しいです。
  3. log2 変換してから、差をとります。式では、 log2(KO) – log2(WT) となります。log2(256) – log2(128) = 8-7 = 1 で、これも正しいです。
  4. 先に差をとってから、log2 変換するので、 log2(KO – WT) と書けます。log2(256 – 128) = log2 (128) = 7 ?? 間違いです。
  5. WT = 128, KO = 256 なら、logFC = 2 ?? WT = 256, KO = 128 なら logFC = -2 ?? 間違いです。

正解は、 2. と 3. です。どちらの計算方法でもよいのですが、log2変換されていれば、割り算ではないことに注意が必要です。

計算に用いているシグナル値が、log2変換された値 (log2-transformed) なのか、log2変換されていない値 (non-log) かを確認しておきましょう。

 

log fold-change (=logFC or log ratio) の算出方法の確認

log fold-change (= logFC or log ratio) の算出方法の確認です。logFC の算出方法として、正しいのは、次のうちどれでしょうか?正解は2つあります。

wild type (WT) と knock out (KO) の2サンプルのシグナル値を比較するものとします。なお、通常の fold-change (ratio) は、以前に紹介したように割り算ですので、KO を WT で割れば(KO/WT)、WTに比べて、何倍になっているか計算できます。

  1. WT と KO の値をlog2変換して、KO を WT で割る
  2. KO を WT で割ってから、算出された値をlog2変換する。
  3. WT と KO の値をlog2変換して、KO から WT を引く
  4. KO から WT を引いてから、算出された値をlog2変換する。
  5. KO を WT で割る。このとき、ratio > 1 なら、そのまま。ratio < 1 なら、逆に WT を KO で割り、ー(マイナス)の符号を付ける。
 

エクセルで log 変換

エクセルで log 変換をする方法です。下図のようなマイクロアレイデータがあったとします。1サンプルのデータが示されています。(遺伝子数は3個)

テーブルの例
テーブルの例

B列に表示されているシグナル値を log10 変換してみます。なお、結果をC列に保存するものとします。

(1) まず、C2のセルに “=log10(B2)” と入力します。”=” を忘れずに入力してください。

log10変換
log10変換

C2のセルに計算結果が表示されます。(この場合は、1)

(2) 次に、このセルをコピーしてください。

結果のコピー
結果のコピー

(3) そして、3行目以降のセルを選択した状態で、ペーストします。これで、3行目以降も同様の計算が行われ、計算結果が表示されます。

計算結果のペースト
計算結果のペースト

計算結果が表示されます。底が 10 の変換なので “=log(B2, 10)” でも同じ結果を得られます。 log2変換したい場合は、 “=log(B2, 2)” と入力します。

計算結果の表示
計算結果の表示