GSEA の操作ガイド

GSEA の操作ガイドの記事です。

GSEAは、基本的に n=3 以上のケースで実行することが望ましいです。コントロールと実験の2サンプルしかない場合は、必ず、ガイド5 の設定を確認しましょう。初期設定のパラメーターでも実行できますが、その場合、不適切な結果が得られます。

また、入力としては、変動していない遺伝子も含めて行って構いません。(むしろ、その方がイメージに合った結果になると思います。)

GSEA が用いている「遺伝子セット」は、MSigDB として提供されているものです。キュレーターによって、論文から得られた遺伝子セット (c2.cgp) は魅力的ですが、全分野の論文が網羅されているわけではありません。がん関連の論文は多いようです。