無償で利用できる解析ソフトである MeV の紹介です。クラスタリング、ヒートマップ作成、t-検定、PCA などが行えます。(入手方法と主な機能)
- ファイルの読み込み。(続き)ファイルの読み込み後の操作。
- 階層的クラスタリング
- t-検定。(続き)検定結果のヒートマップの色づけ。
クラスタリングの意味や、ヒートマップの色の意味については、リンク先を参照してください。
- クラスタリング
- ヒートマップ
その他
- 特定のクラスターの画像を保存。
- クラスタリング結果の反転:サンプルの位置を並び替えたい場合。
- ヒートマップの余白を減らす:出力した画像の余白が大きい場合。
- MeV の利用できるメモリを増やす:5000個の遺伝子でヒートマップを作成する場合。
- ペアを考慮した t-検定。
- K-means クラスタリング:遺伝子を変動パターンで10クラスターに分類。