GO解析 (1)

GO解析とは

マイクロアレイ解析の結果、まず得られるのは、発現が増加または減少した遺伝子(発現変動遺伝子)のリストです。一般的には、エクセルの表の形で扱われることが多いと思います。

そのリストを眺めて(または検索して)いると、「特定のGO用語(機能、キーワード)が多く含まれているようだ」ということが直感的に分かると思います。

例えば、GOの列に GO:0006954 : inflammatory response が多いなぁ、というように。

では、どれくらいの頻度で見つかれば、特定の用語が見つかる頻度が高い(エンリッチされている)と言えるのでしょうか?発現変動遺伝子が100個あったとして、10個見つかれば、いいほうなのでしょうか?何個 “inflammatory response” が見つかれば、「マイクロアレイ解析の結果、炎症系の遺伝子に影響があった」と言えるのでしょうか?

これに答えるのが、「GO解析」です。GO解析(2) へ。

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。