パスウェイデータベースとは?

様々なパスウェイをまとめてデータベース化したものが、「パスウェイデータベース」です。

パスウェイデータベース (Pathway Database)

代表的なパスウェイデータベースと言えば、京都大学の KEGG パスウェイデータベースでしょう。代謝経路を中心に、シグナル伝達系や、ヒトの疾患に関係したパスウェイなどが作成され、登録されています。世界的に利用されており、このサイトで紹介している DAVID も、パスウェイのデータとして、この KEGG のデータを使用しています。一般的な「パスウェイ解析」で利用されているのも、この KEGG パスウェイデータベースのパスウェイでしょう。KEGGのデータの閲覧は、研究目的として無償で利用できます。(アカデミックフリー。FTPを利用した方法や、商用利用にはライセンス契約が必要です。)

ほかのパスウェイデータベースとしては、下記のものがあります。

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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