遺伝子発現のデータを含めた論文を投稿する際は、データベースに登録して公開することを求められることが多いです。登録することができるデータベースには、NCBI の GEO や、EBI の ArrayExpress などが一般的です。ジャーナルから、MIAMI準拠 (MIAMI standards) でと言われたら、だいたい、この GEO に登録する際のフォーマットのことになります。
NCBI の GEO に登録する際の情報をまとめました。
- GEO登録の概要: 登録する際に準備するものなど。
- GEOにまつわる用語: デポジット、メタデータなど、聞きなれない用語。
- 記入が必要なファイル: テンプレートはアレイのメーカーごとに異なる。
- メタデータに記入する項目: エクセルファイルの各欄に何を記入すべきか。
- マトリックステーブルの書式: 2枚目のシートに正規化後のデータを含める。
- 代表的なアレイの PlatformID: GPL15084 など、Affymetrix, Agilent, Illumina の代表的なアレイのID。
- FIND PLATFORM の使い方: Platform ID が分からないものは、FIND PLATFORM から。
GEO に登録されているデータは、自由にダウンロードして解析することができます。