これらの2つの用語は、同じような意味で使われます。しかし、厳密には少し違った意味を持っています。「ヒートマップ」のほうが、広い意味を持っていると言えます。「クラスタリング図」は、いわば、クラスタリング処理を施されたヒートマップです。よって、どちらか分からない場合は、ヒートマップと呼ぶほうが無難でしょう。
クラスタリング処理は、簡単にいうと、並べ替えです。ヒートマップ中の個々の遺伝子を、発現パターンの似ている順に並べる作業です。また、並べ方には、方向があります。サンプルを似ている順に並べるか、遺伝子を似ている順に並べるか、というものです。
例：3つのサンプルA, B, C があり、それぞれ、gene1, gene2, gene3 のシグナル値を測定したとします。
| サンプルA | サンプルB | サンプルC | |
| gene1 | 30 | 20 | 35 |
| gene2 | 10 | 50 | 15 |
| gene3 | 10 | 20 | 15 |
クラスタリング図（＝クラスタリング処理したヒートマップ）
両方向というパターンもあります。
