正しくパラメーターを設定できれば、GSEA を実行後に結果のレポートを確認できます。そのレポートの読み方を紹介します。
Run を押した後、ウィンドウ左下の Status には、”Running” と表示されています。Error が出ずに終了すれば、この表示が、 “Success” に変わります。（選択したリストが多くなければ、数分後には終了します。）
“Success” の部分をクリックすると、ブラウザが起動し、解析結果のレポートが表示されます。 続きを読む GSEA 操作ガイド (4): 結果の表示と解釈
MeV を用いて、ペアを考慮した t-検定を行う方法を紹介します。
検定を行う2グループに含まれるサンプルの間に、ペアの関係がある場合は、ペアを考慮した検定が可能です。（例えば、患者ごとに投与前、投与後のサンプルある場合など。）ここでは、仮に WT と KO にペアの関係があったと仮定して、例として用いています。
これまでを振り返り、再度、マイクロアレイ解析の流れについて解説します。
下図にマイクロアレイ解析のフローチャートを示します。まずは、発現変動遺伝子の抽出までの流れです。左側にフローチャートの各ステップで得られるデータの形式を表記しています。右側に各ステップで行われる処理を示しています。
ここまでの解析ステップが、マイクロアレイの最も基礎的な解析ステップとなります。このステップで、遺伝子発現が増加（減少）した遺伝子群のリストが得られます。しかしながら、変動している遺伝子（発現に差のある遺伝子）が、どれか分かっただけであり、その後の解析が必要です。通常、数百個から数千個の遺伝子が発現変動しています。
解析のステップとして、次に何をすべきでしょうか？
発現が増加または、減少した遺伝子の一群（発現変動遺伝子群）が、「どのパスウェイに多く含まれていたかを調べる」ものです。考え方は、GO解析と同様です。（パスウェイに含まれていることを、パスウェイにマップされているとも表現されます。）
特定のパスウェイに多く含まれていたこと（集中していたこと）を統計学的に有意かどうかを述べるには、GO解析の場合と同様に、下記の2点を考慮する必要があります。パスウェイに含まれている遺伝子の単純な個数で評価することは、望ましくありません。
たとえば、 “Pathways in cancer” のパスウェイなどは、パスウェイ上に描かれている遺伝子の数が多いです。そのため、このパスウェイに含まれる遺伝子は、それだけ見つかりやすいと考えられます。
数千個の遺伝子が増加、または減少している状況では、あらゆるパスウェイにおいて、増加、減少した遺伝子が見つかります。
GO解析と同様に、DAVID などのサービスを利用すれば、上記の2点を考慮した各パスウェイごとの p-value が得られます。
基本的にパスウェイ解析によって得られるのは、下記の2つものです。
発現が増加または、減少した遺伝子の一群（発現変動遺伝子群）の中に、「特定の用語（機能、キーワード）をアノテーションに持つ遺伝子が多い」ことを述べるには、下記の2つの点を考慮する必要があります。
もともとゲノム中に多く含まれる機能は、当然、発現変動遺伝子群においても見つかりやすいです。たとえば、 GO:0005488 : binding は、ほとんどの遺伝子がこの機能をアノテーションされています。（何らかのタンパクと結合することが考えられますので、当然といえます。）GO:0016020 : membrane などもそうです。ほとんどの遺伝子は、膜系か、それ以外に分類されるためです。
「当たり」が多く含まれている宝くじを引いていることをイメージするとよいでしょう。それでは当たったことが重要にはなりません。
発現が増加または、減少した遺伝子の数が多い場合、あらゆる機能の遺伝子が見つかりやすくなります。マイクロアレイデータによっては、3000個以上の遺伝子が増加、減少していることもあります。この状態では、ほぼすべての機能の遺伝子が含まれていて当然と考えられます。
宝くじをたくさん引いていることをイメージするとよいでしょう。何度も挑戦することで、当然、当たりやすくなるため、当たったことの重要性は薄れます。
上記を考慮すると、最も重要性が高くなるのは、次の条件です。
「もともとゲノム中に数少なく見られる機能を持つ遺伝子が、少ない発現変動遺伝子群に数多く含まれている。」
言い換えると、「ゲノム中（4万個）に10個程度しか含まれない遺伝子が、マイクロアレイ解析の結果、変動していた100個の遺伝子群の中に、8個も見つかった」というような状況です。（数字は適当です。）
DAVID の解析結果などに表示されている GO についた p-value や Enrichment Score は、上記の点を考慮して算出されたものです。 p-value < 0.05 であれば、偶然ではないことが主張できます。