log fold-change (= logFC or log ratio) の算出方法の確認です。logFC の算出方法として、正しいのは、次のうちどれでしょうか?正解は2つあります。
wild type (WT) と knock out (KO) の2サンプルのシグナル値を比較するものとします。なお、通常の fold-change (ratio) は、以前に紹介したように割り算ですので、KO を WT で割れば(KO/WT)、WTに比べて、何倍になっているか計算できます。
- WT と KO の値をlog2変換して、KO を WT で割る。
- KO を WT で割ってから、算出された値をlog2変換する。
- WT と KO の値をlog2変換して、KO から WT を引く。
- KO から WT を引いてから、算出された値をlog2変換する。
- KO を WT で割る。このとき、ratio > 1 なら、そのまま。ratio < 1 なら、逆に WT を KO で割り、ー(マイナス)の符号を付ける。
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