log fold-change (=logFC or log ratio) の算出方法の確認

log fold-change (= logFC or log ratio) の算出方法の確認です。logFC の算出方法として、正しいのは、次のうちどれでしょうか?正解は2つあります。

wild type (WT) と knock out (KO) の2サンプルのシグナル値を比較するものとします。なお、通常の fold-change (ratio) は、以前に紹介したように割り算ですので、KO を WT で割れば(KO/WT)、WTに比べて、何倍になっているか計算できます。

  1. WT と KO の値をlog2変換して、KO を WT で割る
  2. KO を WT で割ってから、算出された値をlog2変換する。
  3. WT と KO の値をlog2変換して、KO から WT を引く
  4. KO から WT を引いてから、算出された値をlog2変換する。
  5. KO を WT で割る。このとき、ratio > 1 なら、そのまま。ratio < 1 なら、逆に WT を KO で割り、ー(マイナス)の符号を付ける。
 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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