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散布図を色付けする際に、特定の列を color として使用できます。ボックスプロットの時と同様に aes() の中で、 color を指定します。

ggplot(input_data, aes(Sample1, Sample2, color = Sample2))

下記は、 Sample2 の列を color に指定した場合です。

input_data <- tibble("Sample1" = rnorm(100),
                     "Sample2" = rnorm(100))

g <- ggplot(input_data, aes(Sample1, Sample2, color = Sample2))
g + geom_point()

Sample2 の値（double, 連続値) に応じて、ドットがグラデーションで色付けされます。

color の指定には、直接、条件式を入力することもできます。下記は、 「Sample2 > 1」 を指定した例です。

g <- ggplot(input_data, aes(Sample1, Sample2, color = Sample2 > 1))
g + geom_point()

条件式の結果が、真または偽の離散値なので、色もグラデーションになりません。 Sample2 の値が 1より大きいところが 真 (TRUE) なので、水色に表示されます。（それ以外は 偽 (FALSE) の色。）