Affymetrix から Thermo Fisher へ

2017年より、マイクロアレイの GeneChip など、 Affymetrix 社の製品は、 Thermo Fisher で取り扱われるようになりました。

https://www.thermofisher.com/jp/ja/website-overview/affymetrix-information.html?icid=HR-P-affyinfo-20170127-jp

チップといえば、 Affymetrix の GeneChip のことでしたが、今後は Applied Biosystems ブランドとなるそうです。

サイトも更新され、読みやすい解説記事もあります。

マイクロアレイとは?|マイクロアレイを用いた発現解析の原理と解析方法

 

 

TCGA の出版ガイドライン

TCGA のデータを用いた研究に対する出版のガイドラインですが、2015年12月に更新があり、全てのデータセットが制限なく利用できるようになっています。

TCGA is a community resource project and data are made available rapidly after generation for community research use. In keeping with the TCGA policy of a defined moratorium on comprehensive analyses of each tumor type, moratoria on all cancer types are now lifted and all data may be used for publication without restrictions or limitations. Please review the below section on TCGA program attribution to properly acknowledge TCGA in publications and presentations; however, the additional information below concerning TCGA publication guidelines is intended for reference purposes, and need not be adhered to for any current or future uses of TCGA data.

 

GEO と NCBI アカウント

2012年12月より、GEO のアカウントが、 NCBI のアカウントに統合されたようです。現在、GEO のサイトからログインを試みると、下図のような注意書きが表示されます。

GEO アカウントから NCBI アカウントへ。
GEO アカウントから NCBI アカウントへ統合。

すでに、新しく GEO アカウントを作成することはできなくなっており、代わりに NCBI のアカウントを作成することを求められています。 NCBI のアカウントを持っている人は、GEO のアカウントとリンクさせる必要があるそうです。なお、既存の GEO アカウントによるログインは、2013年3月1日以降、行えなくなる模様です。

NCBI アカウントでは、NCBI を検索した結果を保存できます。これに加えて、GEO へのマイクロアレイデータの登録も行えるようになっています。NCBI アカウントでログイン後、GEOのサイトに移動すれば、これまで通り submit の画面に進めます。

NCBI にログインしているかどうかは、右上にユーザー名が表示されているかどうかで確認できます。ログインしていなければ、 “Not logged in” と表示されます。

 

マイクロアレイ解析の日本語の情報

マイクロアレイ解析についての情報やデータベースは、NCBIDAVID など海外のものが多いですが、日本語の情報もあります。

ライフサイエンス統合データベースプロジェクト」は、日本におけるライフサイエンスの情報を収集したものです。かなりの情報量のため、どこから見てよいものか迷ってしまうかもしれません。

このうちの一つのコンテンツである「統合tv」は、解析ソフトの使い方などを動画で紹介しています。GEOに関する解説も公開されています。

dbcls
統合データベース
 

Broad-Novartis Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)

CCLE プロジェクトという、がんのセルラインのデータを収集するプロジェクトがあります。 Broad Institute を中心に行われており、得られたデータが公開されています。 現在、CNV, SNP と mRNA のマイクロアレイデータが公開されています。mRNA のマイクロアレイデータとしては、1000サンプルに近いデータがあります。raw データで 4.7GB と巨大ですが、ダウンロードすれば独自に解析することも可能です。このデータは、 GEO にも

GPL15308 として登録されています。

CCLE home
Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE).