ここ10年ほどで、NGSの手法が広く使われるようになってから、RNA-seq について、検出されたリードのマッピングや、カウントの方法について様々なアルゴリズムやソフトウェアが考案されてきました。
RNA-seq のデータ解析について、非常によくまとめられたサーベイが昨年(2016年)出ていますので、ぜひ、一読をお勧めします。
ここ10年ほどで、NGSの手法が広く使われるようになってから、RNA-seq について、検出されたリードのマッピングや、カウントの方法について様々なアルゴリズムやソフトウェアが考案されてきました。
RNA-seq のデータ解析について、非常によくまとめられたサーベイが昨年(2016年)出ていますので、ぜひ、一読をお勧めします。
2017年より、マイクロアレイの GeneChip など、 Affymetrix 社の製品は、 Thermo Fisher で取り扱われるようになりました。
チップといえば、 Affymetrix の GeneChip のことでしたが、今後は Applied Biosystems ブランドとなるそうです。
サイトも更新され、読みやすい解説記事もあります。
TCGA のデータを用いた研究に対する出版のガイドラインですが、2015年12月に更新があり、全てのデータセットが制限なく利用できるようになっています。
TCGA is a community resource project and data are made available rapidly after generation for community research use. In keeping with the TCGA policy of a defined moratorium on comprehensive analyses of each tumor type, moratoria on all cancer types are now lifted and all data may be used for publication without restrictions or limitations. Please review the below section on TCGA program attribution to properly acknowledge TCGA in publications and presentations; however, the additional information below concerning TCGA publication guidelines is intended for reference purposes, and need not be adhered to for any current or future uses of TCGA data.
2012年12月より、GEO のアカウントが、 NCBI のアカウントに統合されたようです。現在、GEO のサイトからログインを試みると、下図のような注意書きが表示されます。
すでに、新しく GEO アカウントを作成することはできなくなっており、代わりに NCBI のアカウントを作成することを求められています。 NCBI のアカウントを持っている人は、GEO のアカウントとリンクさせる必要があるそうです。なお、既存の GEO アカウントによるログインは、2013年3月1日以降、行えなくなる模様です。
NCBI アカウントでは、NCBI を検索した結果を保存できます。これに加えて、GEO へのマイクロアレイデータの登録も行えるようになっています。NCBI アカウントでログイン後、GEOのサイトに移動すれば、これまで通り submit の画面に進めます。
NCBI にログインしているかどうかは、右上にユーザー名が表示されているかどうかで確認できます。ログインしていなければ、 “Not logged in” と表示されます。
マイクロアレイ解析についての情報やデータベースは、NCBI や DAVID など海外のものが多いですが、日本語の情報もあります。
「ライフサイエンス統合データベースプロジェクト」は、日本におけるライフサイエンスの情報を収集したものです。かなりの情報量のため、どこから見てよいものか迷ってしまうかもしれません。
このうちの一つのコンテンツである「統合tv」は、解析ソフトの使い方などを動画で紹介しています。GEOに関する解説も公開されています。