パスウェイ解析とは?

パスウェイ解析

発現が増加または、減少した遺伝子の一群(発現変動遺伝子群)が、「どのパスウェイに多く含まれていたかを調べる」ものです。考え方は、GO解析同様です。(パスウェイに含まれていることを、パスウェイにマップされているとも表現されます。)

特定のパスウェイに多く含まれていたこと(集中していたこと)を統計学的に有意かどうかを述べるには、GO解析の場合と同様に、下記の2点を考慮する必要があります。パスウェイに含まれている遺伝子の単純な個数で評価することは、望ましくありません。

  1. そのパスウェイに含まれる遺伝子が、ゲノム中にもともと多いのかどうか。
  2. 発現が増加または、減少した遺伝子の数が多いかのどうか。

1. パスウェイに含まれる遺伝子の数

たとえば、 “Pathways in cancer” のパスウェイなどは、パスウェイ上に描かれている遺伝子の数が多いです。そのため、このパスウェイに含まれる遺伝子は、それだけ見つかりやすいと考えられます。

 2. 発現変動遺伝子の数

数千個の遺伝子が増加、または減少している状況では、あらゆるパスウェイにおいて、増加減少した遺伝子が見つかります。

GO解析と同様に、DAVID などのサービスを利用すれば、上記の2点を考慮した各パスウェイごとの p-value が得られます。

パスウェイ解析で得られる結果

基本的にパスウェイ解析によって得られるのは、下記の2つものです。

  • 特定のパスウェイに含まれる遺伝子のリスト(シグナル値と ratio, fold-change, Z-score, p-value などのスコア)
  • 遺伝子発現の増減で色付けされたパスウェイの図
 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

「パスウェイ解析とは?」への5件のフィードバック

  1. 追記します。

    パスウェイやネットワークの図に含まれる情報には制約があります。「図の中に含まれる遺伝子、を制御している可能性のある遺伝子X」が載っていないのであれば、上流解析はできません。
    詳しくは、次の記事を参照してください。 http://array.cell-innovator.com/?p=1716

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