GO解析とパスウェイ解析も、解析の原理は同じと以前述べました。どちらの解析方法を使っても、発現変動した遺伝子が、どの機能（パスウェイ）に多く含まれているのか、確認できます。
しかし、この両者には、発現変動した遺伝子どうしの関係が含まれているかどうかという違いがあります。アノテーションのGene Ontology (GO) には、相互作用の情報は存在しません。GOは、アポトーシス促進、抑制といった機能を表す言葉を持ちますが、どの遺伝子がどの遺伝子に対してという from, to の情報を持っていません。（これは、ヒートマップやGSEAにも言えることです。）
一方、パスウェイ（またはネットワーク）には、それらの相互作用の情報が含まれています。結合するのか、活性化するのか、抑制するのか、図に含まれる矢印から前後の関係を把握できます。
