STRING

STRING は、タンパク質間相互作用 (Protein-Protein Interaction: PPI) のデータベースです。STRING GeneMANIA のようにネットワーク図を得ることができます。

使い方も同様です。(1) タンパク名を入力し、(2) 生物種を選択、 (3) GO ! をクリックするだけです。

STRING: タンパク質間相互作用のデータベース。
STRING: タンパク質間相互作用のデータベース。

ネットワーク図が表示されます。タンパク質をつなぐ線は、色によって、どの情報由来か示されています。例えば、黄緑色は、Textmining によって得られた関係を示します。

ANXA5 で検索した例。
ANXA5 で検索した例。

視覚的なネットワーク図を得られますが、GeneMANIAと比べると、ネットワークの情報量は少なめでしょうか。(+のアイコンをクリックして、拡張することもできます。)

ネットワーク図の例。
ネットワーク図の例。

* STRING v9.1: protein-protein interaction networks, with increased coverage and integration, Nucl. Acids Res. (1 January 2013) 41 (D1): D808-D815. doi: 10.1093/nar/gks1094

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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