Molecular Signatures Database (MSigDB)

「遺伝子セット」のデータベースが、 Molecular Signatures Database (MSigDB) です。Broad institute の GSEA 内にあります。メールアドレスを登録することで閲覧が可能です。

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遺伝子セット

MSigDB の遺伝子セットは、大きく分けて6つのコレクションから構成されています。

  • c1: positional gene sets, 染色体の座標によるもの。
  • c2: curated gene sets, キュレーターが論文から取り出したもの。
  • c3: motif gene sets, 転写制御のモチーフごとのリスト。
  • c4: computational gene sets: がん由来のマイクロアレイデータをコンピューターで分析して作成したリスト
  • c5: GO gene sets, Gene Ontology (GO) から作成したリスト。
  • c6: oncogenic signatures, さまざまな因子の影響下にある、がん細胞のマイクロアレイデータから作成したリスト。

MSigDB の代表的な遺伝子セットとしては、c2 の論文から取得されたリストでしょう。論文に書かれた遺伝子群をキュレーターがチェックして、遺伝子セットとして登録しています。また、この中には、BioCarta, KEGG, Reactome など、パスウェイに関するリストも含まれています。また、 c5 には、GO から得られた遺伝子セットもあります。つまり、GSEA を行うと、パスウェイ解析GO解析も同時に行えるといえます。(パスウェイの色づけはなく、アノテーションが最新とは限らないため、完全な代用にはなりませんが。)

> Subramanian, Tamayo, et al. (2005, PNAS 102, 15545-15550)

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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