MSigDB からの遺伝子セットの取得

MSigDB から遺伝子セットを検索して、取得する方法を紹介します。

(1) “Search” をクリックして、遺伝子セットの検索を行います。

遺伝子セットの検索。
遺伝子セットの検索。

(2) メールアドレスを登録(入力)して、ログインします。

メールアドレスを入力してログイン。
メールアドレスを入力してログイン。

(3) 検索画面が表示されるので、検索したいキーワードを入力し、Search ボタンをクリックします。右側の項目を選択することで、情報の種類や生物種でフィルターをかけることもできます。

遺伝子セットの検索画面。
遺伝子セットの検索画面。

(4) 検索結果に、見つかった遺伝子セットの一覧が表示されます。リンクをクリックすることで、詳細を表示します。#genes に表示されている数字は、遺伝子セットに含まれる遺伝子の個数を意味しています。

遺伝子セットの検索結果の一覧。
遺伝子セットの検索結果の一覧。

(5) 検索結果の詳細には、元になった論文の情報などが表示されます。なかほどの “Download gene set” の項目から、遺伝子セットをダウンロードできます。遺伝子セットは、複数のフォーマットで用意されています。”text”形式が最もシンプルです。この検索結果の詳細では、画面下の “Show members” の項目をクリックすることで、遺伝子セットを表示して確認することもできます。

遺伝子セットの検索結果の詳細。遺伝子セットをダウンロードできる。
遺伝子セットの検索結果の詳細。遺伝子セットをダウンロードできる。

追記

なぜか、トップ画面の “Search” から検索した結果と、同画面の “Browse” から検索した結果が異なるようです(2012年12月現在)。 例は、 “stemness” で検索した結果ですが、”Search” から検索した場合がたくさんヒットしました。しかし、 “Browse” から検索しないと表示されない遺伝子セットもありました。

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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