cBioPortal 経由で TCGA のデータを閲覧 (2)

各データセット(CancerStudy)のサマリーのページから、各種の情報をたどることができます。例えば、”Mutated Genes” のタブをクリックすると、変異のある遺伝子を確認できます。

データセットのサマリーから、変異のある遺伝子のリストへ。
データセットのサマリーから、変異のある遺伝子のリストへ。

1. 変異のある遺伝子リスト

選択したデータセット(CancerStudy)において、変異のある遺伝子のリストが表示されます。ここを見れば、乳癌に多く変異のある遺伝子はどれか?肺がんに多い変異はどれか?、数百サンプルの情報を元に確認できます。

変異のある遺伝子のリスト。
変異のある遺伝子のリスト。

さらに遺伝子名をクリックすることで、染色体上のどの部分にミューテーション(=変異)があるかが表示されます。下には変異のある検体のリストが表示されます。また、図のピンをマウスでポイントすることで、どの検体に見られる変異なのか対応を確認できます。

さらに、上部のタブをクリックして、ほかの情報を参照できます。

変異のある遺伝子のリスト。
変異の位置と検体の関係。

2. 共発現(遺伝子発現の相関関係)

Co-Expression タブをクリックすると、(現在選択中の)変異のある遺伝子と、遺伝子発現レベルで相関のある遺伝子のリストを表示できます。元となるデータとしては、マイクロアレイや RNASeq のデータがあります。遺伝子名をクリックすると散布図の形で相関関係を確認できます。

共発現している遺伝子のリスト。遺伝子名をクリックすると散布図の形で相関関係を確認できる。
共発現している遺伝子のリスト。遺伝子名をクリックすると散布図の形で相関関係を確認できる。

3. 生存曲線

Survival タブをクリックして、変異と生存曲線の関係を表示することもできます。

変異と生存曲線の関係。
変異と生存曲線の関係。

4. ネットワーク図

Network タブをクリックして、その他の関連する遺伝子をネットワーク図から確認できます。ネットワークの情報は、REACTOME などが用いられています。(表示には、Cytoscape のプラグインを利用。Adobe Flash Player が必要。)

その他の関連する遺伝子を表示したネットワーク図。
その他の関連する遺伝子を表示したネットワーク図。
 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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