cBioPortal 経由で TCGA のデータを閲覧 (4)

cBioPortal では、データをダウンロードすることもできます。操作は、閲覧するときと同様ですが、最初に “Query” ではなく、 “Download Data” タブを選択してから行います。

データのダウンロード手順。
データのダウンロード手順。

(1) Download Data タブをクリックします。

(2) データセット(がんの種類、 CancerStudy)を選択します。

(3) データの種類を選択します。RNASeq、microRNA、通常のマイクロアレイなどから選択します。 mRNA expression の Z-scores は、 Z-score 化されたシグナル値です。(ratio とは異なります。) コントロールまたは全サンプルの平均値から、標準偏差 (=SD) の何個ぶん離れているかを表したものです。Z-score > 2 (増加)もしくは、 Z-score < -2 (減少)で有意となります。

上図の例では、Z-score ではなく、シグナル値の形式を選択しています。

(4) 取得したい遺伝子名を Official Symbol で入力します。リストから決まった遺伝子群を選択することも可能です。

(5) Submit をクリックすると、タブ区切りのテキスト形式のデータを取得できます。

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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