cBioPortal 経由で TCGA のデータを閲覧する例を紹介します。
1. cBioPortal にアクセス
The Cancer Genome Atlas (TCGA) のデータの一部は、 cBioPortal というサイトを経由して閲覧することができます。（TCGAからダウンロードする方法もありますが、主要なデータは cBioPortal 上でダウンロードすることなく、閲覧可能です。）
2. DATA SETS をクリック
cBioPortal の上部のタブから、 “DATA SETS” をクリックします。閲覧可能なデータセットのテーブルが表示されます。
3. データセット (CancerStudy) を選択
データセット (CancerStudy) のテーブルは、がんの種類（組織）ごとにまとめられています。また、それぞれのデータセットに含まれる情報と、そのサンプル数が表示されています。例えば、シークエンス、CNA (Copy Number Alterations)、RNA-Seq、マイクロアレイ、メチレーションなどです。組織ごとにすべての種類のデータが存在するわけではありません。また、取得されているサンプル数も異なります。
目的の情報を含む CancerStudy をクリックします。
4. サマリーの表示
データセットを選択すると、そのデータセットのサマリーが表示されます。この画面から、さらに、ミューテーションなどの情報を見ていきます。（続きます。）
