cBioPortal 経由で TCGA のデータを閲覧 (1)

cBioPortal 経由で TCGA のデータを閲覧する例を紹介します。

1. cBioPortal にアクセス

The Cancer Genome Atlas (TCGA) のデータの一部は、 cBioPortal というサイトを経由して閲覧することができます。(TCGAからダウンロードする方法もありますが、主要なデータは cBioPortal 上でダウンロードすることなく、閲覧可能です。)

2. DATA SETS をクリック

cBioPortal の上部のタブから、 “DATA SETS” をクリックします。閲覧可能なデータセットのテーブルが表示されます。

DATA SETS をクリック。
DATA SETS をクリック。

3. データセット (CancerStudy) を選択

データセット (CancerStudy) のテーブルは、がんの種類(組織)ごとにまとめられています。また、それぞれのデータセットに含まれる情報と、そのサンプル数が表示されています。例えば、シークエンス、CNA (Copy Number Alterations)、RNA-Seq、マイクロアレイ、メチレーションなどです。組織ごとにすべての種類のデータが存在するわけではありません。また、取得されているサンプル数も異なります。

目的の情報を含む CancerStudy をクリックします。

データセットのテーブル。閲覧したい CancerStudy を選択。
データセットのテーブル。閲覧したい CancerStudy を選択。

4.  サマリーの表示

データセットを選択すると、そのデータセットのサマリーが表示されます。この画面から、さらに、ミューテーションなどの情報を見ていきます。(続きます。)

CancerStudy のサマリー。
CancerStudy のサマリー。
 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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