cBioPortal を利用して、特定のがん（データセット、CancerStudy）における、特定の遺伝子群の発現変動を閲覧する方法を紹介します。この操作により、自分のマイクロアレイデータで発現変動していた遺伝子が、TCGAのデータではどう変動しているかチェックすることができます。
cBioPortal のホームには、データセットを選択するための、クエリーを入力する欄があります。ここから、
- データセット（がんの種類）
- データ形式（変異、コピー数、マイクロアレイ、miRNA、RNASeq ）
- 見たい遺伝子群（遺伝子の名前）
を選択します。
1. クエリーから、データセットを選択
まず、データセット（がんの種類、 CancerStudy）を選択します。例では、 Lung Adenocarcinoma (TCGA, Nature, in press)を選択しています。
2. データ形式を選択
データ形式（変異、コピー数、マイクロアレイ、miRNA、RNASeq ）を選択します。選んだデータセットによって、利用可能なデータ形式のみ表示されます。すべてのデータ形式があるとは限りません。例では、mRNA ＝マイクロアレイのデータを選択しています。
（また、必要に応じて、データセットに含まれるサンプルのうち、特定の患者のものだけを選択することも可能。）
3. 見たい遺伝子群の入力
データセットのうち、特定の遺伝子（群）を指定して閲覧できます。ボックスの中に、見たい遺伝子の Official Symbol （公式な遺伝子名）を入力します。あらかじめ、いくつかの有名な遺伝子については、リストが用意されているので、プルダウンメニューから選択してもよいでしょう。例では、Cell Cycle を選択しています。
入力された遺伝子名が見つからない場合は、その旨が表示されます。昔の名前や通称の場合は、NCBIなどで、公式な遺伝子名を確認してください。
入力後に、 Submit をクリックします。
4. 結果の表示（OncoPrint）
データを Submit すると、しばらくして、 OncoPrint という画面が表示されます。例では、マイクロアレイデータを選択したので、遺伝子ごとに、その遺伝子の発現が増加している（または減少している）サンプルがハイライトされて表示されます。ここでは、遺伝子発現の増加、減少が Z-score によって判定されています。ヘルプによると、 Z-score を算出するときのコントロールは、全がんサンプルの場合と、健常者のデータの場合があるようです。どちらが使われているか、個々のデータセットを確認してください。
