The Cancer Genome Atlas (TCGA)

がんゲノムのデータベースとして、 The Cancer Genome Atlas (TCGA) が利用されるようになりました。

TCGAのサイト。
TCGAのサイト。

TCGA に登録されたデータ

乳癌、肺がん、など、組織ごとに数百サンプルのデータが登録され、公開されています。データには、マイクロアレイをはじめ、メチレーションのデータや、次世代シーケンサーによって取得された配列情報も含まれています。

ガイドラインを守って利用が可能。
ガイドラインを守って利用が可能。

これらのデータは、ガイドラインを守れば、研究目的として利用が可能です。データをダウンロードして取得し、自分で解析することもできます。（追記：2015年12月末以降、全てのデータセットが公開になりました。詳細は、ガイドラインのページをご確認ください。）

制限なく利用できるものもある。
制限なく利用できるものもある。

TCGA のデータは、 cBioPortal を通して閲覧可能

イチから解析せずに、データを見てみたいという場合は、 cBioPortal というサイトを通してデータの閲覧が可能です。一部のデータにはなりますが、各がんについて、変異の多い遺伝子などの情報を確認できます。

cBioPortal のサイト。
cBioPortal のサイト。

以前紹介した、 Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) のデータも、 TCGA の一部として扱われています。

cBioPortal で扱われているデータ。TCGA の一部。
cBioPortal で扱われているデータ。TCGA の一部。
 

関連記事:

  1. cBioPortal 経由で TCGA のデータを閲覧 (1)
  2. Broad-Novartis Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)
  3. cBioPortal 経由で TCGA のデータを閲覧 (3)
  4. cBioPortal 経由で TCGA のデータを閲覧 (4)

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター、主任研究員。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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