GEO の FIND PLATFORM の使い方

GEOFIND PLATFORM の使い方を解説します。

(1) Company name: Affymetrix, Agilent, Illumina などのメーカー名を選択します。通常の製品であれば、distribution は、”commercial” のままにしておきます。

(2) 生物種を選択します。”FIND PLATFORM” のボタンをクリックして検索します。

Find platform
Find platform

検索結果が多い場合は、Title contains の欄に、キーワードを入力して絞り込みましょう。(U133A, 1.0 Gene ST, 8x44K, 8x60K など、製品名の一部を入力します。)

Find Platform keywords
検索結果。キーワードで絞り込み。

それでも、複数の候補が表示されることがあります。この場合、下記のポイントが参考になるでしょう。

  • A. 登録者の名前を見る。
  • B. マイクロアレイデータの行数を見る。
  • C. 登録されているサンプルの数を見る。

A. について:たいていの場合、各製品の製造元のメーカーが提供しています。個人の研究者の名前になっているものは、カスタムメイドのマイクロアレイと考えられます。

B. について:同じマイクロアレイ製品でも複数の書式で登録されている場合があります。(Agilent の Probe Name バージョンと Feature Number バージョンのように。)マトリックステーブルに入力したマイクロアレイデータの行数と同じものを選びます。(コントロールプローブの有無などで若干は異なる場合もあります。)

C. について:その Platform を使用して、GEOに登録されているサンプルの数です。これも少ない場合は、カスタムメイドのマイクロアレイのときがあります。(製品が新しいため、登録数が少ない場合もありますので、確認しましょう。)

platform_info
Platform の情報。確認するポイント。

なお、使用したマイクロアレイ製品が新しい場合は、まだ、”Platform” が登録されていないこともあります。その場合、各メーカーに問い合わせると、対応してもらえると思います。

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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