マイクロアレイデータを GEOarchive 形式で保存するには、まず、テンプレートのエクセルファイルを GEO から取得します。このテンプレートのファイルは、Affymetrix や Agilent などのメーカーごとに用意されています。
なお、このテンプレートは、使用したマイクロアレイの種類ごとに分かれており、また、データの処理方法によって、さらにオプションが分かれています。例として、 Affymetrix と Agilent の場合を紹介します。
Affymetrix
使用したマイクロアレイが 3′ or Whole Gene Expression Array または、Exon Array または、Tiling Array または SNP Array なのかによって異なります。また、始めの2つのマイクロアレイには、正規化後のデータの形式によって CHP file なのか Matrix table なのかを選択します。
- CHP file オプション: 正規化の方法が MAS5.0 のときはこちらです。正規化後のシグナル値を CHP ファイルとして添付します。（GEOarchive のエクセルファイルに含める必要はありません。）
- Matrix table オプション: 正規化の方法が RMA (GC-RMA) のときはこちらです。正規化後のシグナル値を GEOarchive のエクセルファイルの2枚目のシートに含めます。
最近では、 3′ or Whole Gene Expression Array – Matrix table option が多いのではないでしょうか。（セルイノベーターで受託解析を行った場合は、こちらです。）
いずれのオプションを選んだとしても、 raw データである CEL ファイルは必要です。
Agilent
まず、使用したマイクロアレイが、 Two-color なのか One-color なのかで異なります。また、正規化後のデータの形式によって Matrix table なのか Feature Extraction files なのかを選択します。
- Matrix table オプション: 正規化後のシグナル値を GEOarchive のエクセルファイルの2枚目のシートに含める場合です。
- Feature Extraction files オプション: 正規化後のシグナル値を Feature Extraction のファイルに含めて登録する場合です。
One-color の Matrix table option というケースが多いのではないかと思います。 （セルイノベーターで受託解析を行った場合は、こちらです。）
いずれのオプションを選んだとしても、 raw データを含む Feature Extraction のファイルは必要です。
