MeV の使い方 3. t-検定(続き)

例:t-検定の結果

  • 左側の “Analysis Results” に “T Tests” の結果が表示される。
  • “Significant Genes” に含まれる遺伝子群が、 t-検定の結果、有意となった遺伝子群。(標準の設定では、p-value < 0.01 で有意。0.01 または 0.05 を用いることが多い。)
  • サンプルデータの場合、有意となる遺伝子はない。すべての有意でない遺伝子は、 Non-significant Genes に表示される。

 

例:t-検定の結果

 

3.(3) 検定結果の色づけ

  • 現在の色づけは、他の遺伝子と比べている(図の赤枠)。遺伝子AとBが遺伝子Cより低いため、遺伝子AとBがになり、遺伝子Cがになっている。
  • 他のサンプルと比べて、シグナルの高いところは、低いところはになって欲しい。図に青枠で示されたように、遺伝子Cの6サンプル間での差を見たい。
  • 色づけのための調整が必要。調整の手段は、いろいろ考えられる。各遺伝子の中央値からの距離に変換してもよいし、各遺伝子の平均値からの距離(SD何個分か)に変換してもよい。ここでは、簡単な方法として、各遺伝子の中央値からの距離に変換する方法を紹介する。

 

推定結果の色づけ

3.(4) 遺伝子ごとの中央値からの距離を求める

1) “Adjust Data -> Gene/Row Adjustments -> Median Center Genes/Rows” を選択。 この処理は取り消すことができないので注意。元のシグナル値やほかの調整を行うには、データの読み込みから、すべての作業をやり直す必要がある。

2) 再度、“Display -> Set Color Scale Limits” を選択し、色づけのスケーリングを合わせる。

  • Lower Limit = -2
  • Midpoint Value = 0
  • Upper Limit = 2

*色の濃さは適宜、調節可能。中央値からの距離の場合、Midpoint Value は、0 以外を用いることはない。Lower = -1 , Upper Limit = 1 のように低く設定すると、色が濃くなり強調された状態となる。あまり、低い値を設定すると、どの遺伝子の差も大きいような誤解を与えるので注意。

 

遺伝子ごとの中央値からの距離
スケーリング後、再度、色づけをやり直した結果

 

3.(5) t-検定結果の保存

クラスタリング図を右クリックして出るメニューから、 “Save cluster…” を選択すると、画像ファイルとして結果を保存できる。

t-検定結果の保存
 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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