MeV の使い方:MeV を用いたクラスターの選択と出力

MeV では、クラスタリングした結果から、任意のクラスターを選択し、その選択されたクラスターに含まれる遺伝子群をリストとして出力できます。

クラスターの選択

クラスタリングの結果を表示したヒートマップ上で、任意のクラスターの選択が可能です。ここでは、WTで低く、KOで高い遺伝子群を含むクラスターを選択する例を示します。

ヒートマップの左側には、クラスターの関係を表したツリーが表示されています。このツリーをクリックすることで、任意のクラスターの選択を行います。クリックするツリーの場所(分岐点)により、選択されるクラスターが決定されます。選択されたツリーは、ハイライトされます。また、選択されなかったクラスターは、表示が薄くなります。

クラスターの選択

クラスターの出力

クラスターを選択した状態で、ツリーを「右クリック」し、表示されるメニューから、「Save cluster…」を選択することで、その選択されたクラスターに含まれる遺伝子群をリストとして出力できます。出力されるファイルは、タブ区切りのテキストファイルの形式です。保存するファイルの名前に拡張子(.txt)を含めるようにしてください。出力された遺伝子リストに含まれるシグナル値の値は、MeV で処理された後の値になります。ここでは、ヒートマップ用の色づけを行っているため、log2変換し、中央値からの距離に変換された値となります。

クラスターの出力
 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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