ヒートマップの色づけ (5): 中央値からの距離に変換して色付け

「コントロールで低いところは緑、実験群で高いところは赤」のように色づけするには、 log変換した後、さらに、中央値からの距離に変換することが必要です。

中央値からの距離

中央値 (median) は、文字通り、真ん中の値です。例の場合、6サンプルのシグナル値は、9から10の間に分布しています。よって、その真ん中である 9.5 が中央値となります。（奇数サンプルの場合は、平均を取る必要はありません。5サンプルなら、3番目に大きい値が中央値です。）

中央値からの距離は、単純に「差」を取ればよいです。例えば、WT1のシグナル値は、9なので、9-9.5 = -0.5 となります。同様にKO1のシグナル値は、10-9.5 = 0.5 です。

中央値からの距離で色づけ

中央値からの距離に変換したら、色づけします。「どのくらいの差を何色にするか」は作者が決めます。ここでは、-1であれば、緑、+1であれば、赤としました。中央値からの距離なので、必然的に中央値に該当するものが、真ん中＝黒となります。どのような色づけにしているかは、必ず凡例を付けましょう。

MeV の使い方で紹介している色づけ方法は、この作業を意味しています。

ここでは、一例として、中央値を使いました。これ以外に、平均値を使う場合もあります。また、標準偏差を求めて、平均値からSD何個分離れているか、という値に変換する場合もあります。