主流メーカー (Affymetrix, Agilent) のマイクロアレイ製品の特徴

近年の使用されている主なマイクロアレイ製品のメーカーとして、 Affymetrix, Agilent の2社があります。それぞれのメーカーの製品の主な特徴をあげます。

Affymetrix

Affymetrix社のマイクロアレイは、 GeneChip として有名です。一般的に「チップ」と言われれば、これを意味します。海外では圧倒的なシェアがあり、GEOに登録されているデータの大部分が、この Affymetrix のマイクロアレイを使用して取得されたものです。

遺伝子発現向けとしては、おもに、通常の 3′ Expression のアレイと、Exon をターゲットとしたプローブを搭載した Whole Transcript 向けのアレイがあります。

製品がアップデートされていなかった期間が長いことと、ユーザーが多いこともあり、現在までに多くのデータが蓄積されています。これらの過去のデータと比較できるメリットがあります。

Agilent Technologies

インクジェットの技術を利用して、マイクロアレイを製造しているため、プローブのデザインが容易です。そのため、比較的、製品のアップデートが早く、新しいゲノムのデータが反映されています。8x60K のシリーズは、lincRNA をターゲットとしたプローブも搭載されています。

また、eArray のサイトを通じて、カスタムアレイの設計が用意にできるのも特徴です。(カスタムでも通常のアレイでも同じ価格。)最近では、次世代シーケンサーで取得したゲノム情報をもとに、カスタムアレイを作成するという使い方もされています。

8x60K の製品は、1スライドで8サンプルの実験ができ、1サンプルあたりのコストが割安です。

また、最低限必要な RNA 量が少ない (300ng) という特徴もあります。

どれを使用したらよいか迷われている場合は、ご相談ください

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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