ヒートマップの色づけ (2): ratio で色づけ

高いシグナルと、低いシグナルがあるためにうまくいかないのであれば、シグナル値を fold change (ratio) に変換して色づけしてはどうでしょうか?

シグナル値を ratio に変換。
シグナル値を ratio に変換。

ratio の算出

例の場合、WTをコントロールとするので、WTの平均値で、KOのシグナル値を割ると ratio になります。

Gene A の場合は、WT の平均値が 10 なので、 KO の ratio は、10 になります。一方、WTは同じ値で割るので、1になります。(例は、シグナル値がいずれのサンプルも同じ(=ばらつきが全くない)極端なケースです。)

Gene B の場合は、WT の平均値が 1000 なので、 KO の ratio は、2 になります。WTは同じ値で割るので、1になります。

ratio で色づけ

これを色づけしてみます。変動のないところ、つまり、 ratio = 1 の部分を黒、2倍以上 (ratio > 2) を、0.5倍以下 (ratio < 0.5) をに塗るとします。

ratio で色付けした例。
ratio で色付けした例。

結果としては、コントロール群が黒で、実験群が、黒、となるヒートマップが得られます。シグナル値が高いところも低いところも、 ratio が変動していれば、変化は色として確認できます。(この意味では、目的を達成している色づけ方法といえます。)

ただ、コントロール群は、同じ値で割ることになるので、黒以外になりません。よって、ratio で色づけした場合、コントロール群をヒートマップに表示する意味はほとんどありません。

ratio を用いた場合、コントロール群で低いところは、高いところは(実験群はその逆)という、色の変化にはなりません。

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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