ratio で色づけをしても、コントロール群で低いところは緑、高いところは赤（実験群はその逆）という色づけにはなりません。では、log変換した場合はどうでしょうか？
色づけが期待通りにならない原因の1つは、シグナル値が非常に広い範囲に分布していることです。log変換することで、この範囲を狭くすることはできます。例えば、下図のように、16から1024まであったものが、 log 変換すると、4から10までの範囲に収まります。（100万でも log2変換すると 20 くらいなので、必ず、二桁以内に収まります。）
これを色付けしてみます。Gene A の WTの低いところを緑にしたいので、 4.5 よりシグナル値の低いところを緑、高いところを赤にします。また、Gene B にも同じ色づけを適用します。
結果は、log変換しない場合と同じです。log変換してもシグナル値の大小関係は保たれます。分布が狭くなるだけでは、うまく色付けできません。
