COXPRESdb: 共に発現している遺伝子のデータベース

いろいろな組織において、共に発現している遺伝子を調べたデータベースがあります。それが COXPRESdb です。

COXPRESdb
COXPRESdb のホーム画面。

遺伝子名で検索することで、その遺伝子と共に発現していることが多い遺伝子の一覧が取得できます。また、それらの関係をネットワーク図として見ることもできます。

COXPRESdb example
検索結果の例。MDM4と共に発現が見られる遺伝子の情報。

もとになる情報は、GEOに公開されたマイクロアレイデータが中心となっています。また、共に発現している遺伝子の情報に加え、タンパク間相互作用 ( Protein-Protein Interaction) の情報も付加され、確認できるようになっています。

> Obayashi T, Hayashi S, Shibaoka M, Saeki M, Ohta H, Kinoshita K. (2008) COXPRESdb: a database of coexpressed gene networks in mammals. Nucleic Acids Res. 36, D77-D82.

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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