Homologene

ある遺伝子のホモログを知りたいときは、 NCBI の HomoloGene データベースが利用できます。

 

検索方法

遺伝子名などを入力して、”Search” をクリックすると、入力した遺伝子のホモログの一覧が表示されます。

 

IDの種類の指定

遺伝子名を入力するときは、遺伝子名の後に [Gene Name] など、その入力した ID の種類を入力するようにします。もし、 EntrezGeneID を指定して検索するのであれば、 4193[Gene Id] とします。

利用できる ID は、下記のようなものがあります。

• [Ancestor]
• [Gene Description]
• [Gene Id]: EntrezGeneID のことです。
• [Gene Name]: NCBI公式の GeneSymbol または、そのエイリアス（シノニム）。
• [Nucleotide Accession]
• [Nucleotide GI]
• [Organism]
• [Protein Accession]
• [Protein GI]
• [Text Word]
• [Title]
• [UniGene ID]

 

複数の遺伝子のホモログを一度に取得するには？

HomoloGene では、基本的に遺伝子1個ずつしか問い合わせることができません。複数の遺伝子を含むリストがあって、それらのホモログをまとめて知りたいときは、理研の Homologene Matcher を利用するとよいでしょう。

利用できるIDの種類は、下記の4種類です。

• Gene symbol: NCBI 公式の GeneSymbol
• Gene ID: Entrez Gene ID
• RefSeq (peptide)
• RefSeq (nucleotide)