Homologene

ある遺伝子のホモログを知りたいときは、 NCBI の HomoloGene データベースが利用できます。

Homologene データベース。
Homologene データベース。

 

検索方法

遺伝子名などを入力して、”Search” をクリックすると、入力した遺伝子のホモログの一覧が表示されます。

例:MDM2遺伝子のホモログの検索結果。。
例:MDM2遺伝子のホモログの検索結果。。

 

IDの種類の指定

遺伝子名を入力するときは、遺伝子名の後に [Gene Name] など、その入力した ID の種類を入力するようにします。もし、 EntrezGeneID を指定して検索するのであれば、 4193[Gene Id] とします。

利用できる ID は、下記のようなものがあります。

  • [Ancestor]
  • [Gene Description]
  • [Gene Id]: EntrezGeneID のことです。
  • [Gene Name]: NCBI公式の GeneSymbol または、そのエイリアス(シノニム)。
  • [Nucleotide Accession]
  • [Nucleotide GI]
  • [Organism]
  • [Protein Accession]
  • [Protein GI]
  • [Text Word]
  • [Title]
  • [UniGene ID]
指定できるIDの種類。
指定できるIDの種類。

 

複数の遺伝子のホモログを一度に取得するには?

HomoloGene では、基本的に遺伝子1個ずつしか問い合わせることができません。複数の遺伝子を含むリストがあって、それらのホモログをまとめて知りたいときは、理研の Homologene Matcher を利用するとよいでしょう。

利用できるIDの種類は、下記の4種類です。

  • Gene symbol: NCBI 公式の GeneSymbol
  • Gene ID: Entrez Gene ID
  • RefSeq (peptide)
  • RefSeq (nucleotide)
Homologene Mathcher: 複数の遺伝子のホモログをまとめて取得できる。
Homologene Mathcher: 複数の遺伝子のホモログをまとめて取得できる。
 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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