BioGRID

特定のタンパク(または遺伝子)を研究対象としているとき、「そのタンパクに結合すると言われているタンパク」を知りたくなることがあると思います。そのときに便利な “BioGRID” というデータベースがあります。

BioGRID は、interaction (相互作用)のデータベースです。論文の情報からキュレーションされた相互作用が登録されています。おもに protein-protein interaction のデータ(physical interaction) ですが、遺伝子発現のデータ (genetic interaction) も含まれています。

キーワードや遺伝子名を入力して、検索ができます。

BioGRID
BioGRID のホーム画面。検索ができます。

“SUBMIT GENE SEARCH” をクリックすると、検索結果が表示されます。下部に、目的のタンパクと相互作用すると報告のあるタンパクの一覧が表示されます。各タンパクの右側に表示された数字が、報告された論文の件数です。信頼度の目安になります。 details をクリックするとさらに詳細が表示されます。

Interaction Summary
検索結果の例。

なお、BioGRID のデータは、商用、学術用ともに無償で利用できます。

Reference: Stark C, Breitkreutz BJ, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Tyers M. Biogrid: A General Repository for Interaction Datasets. Nucleic Acids Res. Jan1; 34:D535-9.

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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