各データセット(CancerStudy)のサマリーのページから、各種の情報をたどることができます。例えば、”Mutated Genes” のタブをクリックすると、変異のある遺伝子を確認できます。
1. 変異のある遺伝子リスト
選択したデータセット(CancerStudy)において、変異のある遺伝子のリストが表示されます。ここを見れば、乳癌に多く変異のある遺伝子はどれか?肺がんに多い変異はどれか?、数百サンプルの情報を元に確認できます。
さらに遺伝子名をクリックすることで、染色体上のどの部分にミューテーション(=変異)があるかが表示されます。下には変異のある検体のリストが表示されます。また、図のピンをマウスでポイントすることで、どの検体に見られる変異なのか対応を確認できます。
さらに、上部のタブをクリックして、ほかの情報を参照できます。
2. 共発現(遺伝子発現の相関関係)
Co-Expression タブをクリックすると、(現在選択中の)変異のある遺伝子と、遺伝子発現レベルで相関のある遺伝子のリストを表示できます。元となるデータとしては、マイクロアレイや RNASeq のデータがあります。遺伝子名をクリックすると散布図の形で相関関係を確認できます。
3. 生存曲線
Survival タブをクリックして、変異と生存曲線の関係を表示することもできます。
4. ネットワーク図
Network タブをクリックして、その他の関連する遺伝子をネットワーク図から確認できます。ネットワークの情報は、REACTOME などが用いられています。(表示には、Cytoscape のプラグインを利用。Adobe Flash Player が必要。)