マイクロアレイ解析のフローチャート1: 発現変動遺伝子の抽出

これまでを振り返り、再度、マイクロアレイ解析の流れについて解説します。

下図にマイクロアレイ解析のフローチャートを示します。まずは、発現変動遺伝子の抽出までの流れです。左側にフローチャートの各ステップで得られるデータの形式を表記しています。右側に各ステップで行われる処理を示しています。

  • (1) ラベリング、ハイブリダイゼーション。
  • (2) スキャン、数値化。
  • (3) 正規化(コントロールを合わせる処理。全体の分布を統計的に合わせるもの (global normalization) が主流。
  • (4) シグナル値の比較。 ratio (fold-change), Z-score, p-value などを算出する。
  • (5) 発現変動遺伝子の抽出。算出された ratio, Z-score, p-value をもとに遺伝子発現が増加減少)した遺伝子をピックアップ。

 

マイクロアレイ解析のフローチャート1: 発現変動遺伝子の抽出
マイクロアレイ解析のフローチャート1: 発現変動遺伝子の抽出

 

ここまでの解析ステップが、マイクロアレイの最も基礎的な解析ステップとなります。このステップで、遺伝子発現が増加減少)した遺伝子群のリストが得られます。しかしながら、変動している遺伝子(発現に差のある遺伝子)が、どれか分かっただけであり、その後の解析が必要です。通常、数百個から数千個の遺伝子が発現変動しています。

解析のステップとして、次に何をすべきでしょうか?

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター、主任研究員。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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