特定のタンパク（または遺伝子）を研究対象としているとき、「そのタンパクに結合すると言われているタンパク」を知りたくなることがあると思います。そのときに便利な “BioGRID” というデータベースがあります。
BioGRID は、interaction （相互作用）のデータベースです。論文の情報からキュレーションされた相互作用が登録されています。おもに protein-protein interaction のデータ（physical interaction) ですが、遺伝子発現のデータ (genetic interaction) も含まれています。
キーワードや遺伝子名を入力して、検索ができます。
“SUBMIT GENE SEARCH” をクリックすると、検索結果が表示されます。下部に、目的のタンパクと相互作用すると報告のあるタンパクの一覧が表示されます。各タンパクの右側に表示された数字が、報告された論文の件数です。信頼度の目安になります。 details をクリックするとさらに詳細が表示されます。
なお、BioGRID のデータは、商用、学術用ともに無償で利用できます。
最近では、論文をPDFファイルで配布することが一般的になりました。研究者であれば、コンピューターのハードディスクのあちこちに、大量のPDFを保存していると思います。このPDFを整理できる “Papers” というソフトを紹介します。
Papers のサイトで確認できるように、インターフェース（見た目）は、音楽を管理するソフトの iTunes と似ています。iTunes で曲のプレイリストを作るように、論文のリストを作成することができます。Cancer や Gene Network など、研究テーマごとにリストを作っておくと探しやすくてよいと思います。BibTeX や EndNote 形式で出力できるので、論文執筆時にも助かります。
また、iOS版 (iPhone, iPad)用の Papers もあります。Mac版の Papers とシンクさせることができます。この機能を使うと、iTunes の音楽を iPod に入れて持ち出すように、 iPad に論文を入れて持ち出すことができます。
Mac版は Papers のサイトから、iOS版は App Store から購入可能です。Mac版は、学生割引もあります。
以前は、Mac版のみでしたが、最近、Windowsにも対応したようです。
自分のマイクロアレイデータやその解析結果をデータベース化して、整理、保存するには、 “MAMP” が便利です。
MAMP は、MySQL データベースをブラウザ（Safari や Chrome）から操作できるようにしたものです。SELECT や WHERE などの命令を覚えていなくても、比較的簡単に扱えます。
一度、データを MAMP に格納してしまえば、数万行のデータも一瞬で検索できます。エクセルファイルを開いて検索するより、オススメです。有償版 (MAMP Pro) と無償版 (MAMP) がありますが、通常の使い方であれば、無償版で十分に対応できます。
なお、Windows には、 WampServer があります。