MeV の利用できるメモリを増やす方法

MeV を用いて、サイズの大きなヒートマップを作成した場合、結果の画像をファイルとして保存できないことがあります。

例えば、5000個の遺伝子でヒートマップを作成した場合、Set Element Size で指定する Element Width と Height を 40 x 20 くらいにしていると、この問題が発生します。

1つの対処方法としては、 Element Width と Height を 40 x 1 のようにして、縮小されたヒートマップにする方法があります。ただ、この場合、保存したヒートマップは小さすぎて、個々の遺伝子名は読めません。

数千遺伝子のヒートマップを、文字が読める大きさで画像ファイルに保存するには、MeV の利用できるメモリを増やすことで対応できるときがあります。ここでのメモリは、パソコンに搭載されたメモリのことではありません。初期状態で、パソコンに搭載されたメモリのうち、MeVの利用できるメモリは、1GB制限されています。この制限を変更する方法を示します。(Macの場合です。)

(1) 準備(テキストエディタ)

まず、テキストファイルを編集するためのソフト(テキストエディタ)を準備してください。 “Text Wrangler” がおすすめです。必要な場合は、App Store からダウンロードしてインストールします。

TextWrangler. App Store から入手可能。
TextWrangler: App Store から入手可能。

(2) 起動ファイル (tmev_mac.sh) の編集

次に MeV のフォルダを開きます。MeVをインストールした場所にあります。通常は、「アプリケーション」フォルダにあると思います。

MeV のフォルダ。
MeV のフォルダ。

そのフォルダに含まれる “tmev_mac.sh” というファイルを “TextWrangler” などのテキストエディタで編集します。 “tmev_mac.sh” をクリックして、右クリックもしくは、上部のメニューから、「このアプリケーションで開く」–> 「TextWrangler」を選択します。

メニューから、このアプリケーションで開く--> TextWranger を選択。
メニューから、このアプリケーションで開く–> TextWranger を選択。

最終行の “1024” を “4096” などの大きい数字に変更します。ここは、パソコンに実際に搭載されたメモリの大きさと相談してください。搭載されたメモリの半分ほどは、MeVに割り当てても問題ありません。(例:メモリを8GB搭載している場合は、4GB = “4096” を指定。もし、2GB割り当てるのなら “2048” などとします。)

最終行を編集。1024 を 4096 など。
最終行を編集。1024 を 4096 など。

編集後は、下記のようになります。ファイルを上書き保存してください。(この設定ファイルの編集は、インストールされたMeVへの影響はありませんので、この変更により、通常の MeV が起動できくなることはありません。)

編集後。
編集後。

(3) 編集したファイルから、MeVを起動

編集したファイルから、MeV を起動すると、メモリの制限を変更した状態で MeV を利用できます。TextWrangler のメニューの「#!」から、「Run in Terminal」を選択してください。

設定ファイルから MeV を起動。
設定ファイルから MeV を起動。

なお、tmev_mac.sh を上書き保存したとしても、変更したMeVを利用するには、毎回、このファイル経由で MeV を起動する必要があります。(MeV のアイコンをダブルクリックした場合は、標準状態の MeV が起動します。)

 

 

Papers

最近では、論文をPDFファイルで配布することが一般的になりました。研究者であれば、コンピューターのハードディスクのあちこちに、大量のPDFを保存していると思います。このPDFを整理できる “Papers” というソフトを紹介します。

Papers のサイトで確認できるように、インターフェース(見た目)は、音楽を管理するソフトの iTunes と似ています。iTunes で曲のプレイリストを作るように、論文のリストを作成することができます。Cancer や Gene Network など、研究テーマごとにリストを作っておくと探しやすくてよいと思います。BibTeX や EndNote 形式で出力できるので、論文執筆時にも助かります。

また、iOS版 (iPhone, iPad)用の Papers もあります。Mac版の Papers とシンクさせることができます。この機能を使うと、iTunes の音楽を iPod に入れて持ち出すように、 iPad に論文を入れて持ち出すことができます。

Mac版は Papers のサイトから、iOS版は App Store から購入可能です。Mac版は、学生割引もあります。

以前は、Mac版のみでしたが、最近、Windowsにも対応したようです。

スクリーンショット。Papers より。
 

MAMP

自分のマイクロアレイデータやその解析結果をデータベース化して、整理、保存するには、 “MAMP” が便利です。

MAMP は、MySQL データベースをブラウザ(Safari や Chrome)から操作できるようにしたものです。SELECTWHERE などの命令を覚えていなくても、比較的簡単に扱えます。

一度、データを MAMP に格納してしまえば、数万行のデータも一瞬で検索できます。エクセルファイルを開いて検索するより、オススメです。有償版 (MAMP Pro) と無償版 (MAMP) がありますが、通常の使い方であれば、無償版で十分に対応できます。

 

MAMP logo
MAMP

 

なお、Windows には、 WampServer があります。