MeV でヒートマップを作成した際に、保存した画像ファイルの右側に大きく余白が生じてしまうことがないでしょうか？これは画像のサイズが、MeVのウィンドウの大きさの影響を受けているために生じた余白です。
対処方法としては、あらかじめ、ウィンドウの大きさを小さくしてから（全体が表示されない程度に）、画像の保存を行います。
対処方法：ウィンドウサイズを小さくします。MeVのウィンドウの右下をドラッグして、サイズを調節します。右側に余白が表示されないようにウィンドウの幅を調節してください。
ヒートマップの画像の全体が表示されない程度に、ウィンドウを小さくしてから、 File –> Save Image を選んで、ヒートマップを保存します。
2012年12月より、GEO のアカウントが、 NCBI のアカウントに統合されたようです。現在、GEO のサイトからログインを試みると、下図のような注意書きが表示されます。
すでに、新しく GEO アカウントを作成することはできなくなっており、代わりに NCBI のアカウントを作成することを求められています。 NCBI のアカウントを持っている人は、GEO のアカウントとリンクさせる必要があるそうです。なお、既存の GEO アカウントによるログインは、2013年3月1日以降、行えなくなる模様です。
NCBI アカウントでは、NCBI を検索した結果を保存できます。これに加えて、GEO へのマイクロアレイデータの登録も行えるようになっています。NCBI アカウントでログイン後、GEOのサイトに移動すれば、これまで通り submit の画面に進めます。
NCBI にログインしているかどうかは、右上にユーザー名が表示されているかどうかで確認できます。ログインしていなければ、 “Not logged in” と表示されます。
MSigDB から遺伝子セットを検索して、取得する方法を紹介します。
(1) “Search” をクリックして、遺伝子セットの検索を行います。
(2) メールアドレスを登録（入力）して、ログインします。
(3) 検索画面が表示されるので、検索したいキーワードを入力し、Search ボタンをクリックします。右側の項目を選択することで、情報の種類や生物種でフィルターをかけることもできます。
(4) 検索結果に、見つかった遺伝子セットの一覧が表示されます。リンクをクリックすることで、詳細を表示します。#genes に表示されている数字は、遺伝子セットに含まれる遺伝子の個数を意味しています。
(5) 検索結果の詳細には、元になった論文の情報などが表示されます。なかほどの “Download gene set” の項目から、遺伝子セットをダウンロードできます。遺伝子セットは、複数のフォーマットで用意されています。”text”形式が最もシンプルです。この検索結果の詳細では、画面下の “Show members” の項目をクリックすることで、遺伝子セットを表示して確認することもできます。
なぜか、トップ画面の “Search” から検索した結果と、同画面の “Browse” から検索した結果が異なるようです（2012年12月現在）。 例は、 “stemness” で検索した結果ですが、”Search” から検索した場合がたくさんヒットしました。しかし、 “Browse” から検索しないと表示されない遺伝子セットもありました。
「遺伝子セット」のデータベースが、 Molecular Signatures Database (MSigDB) です。Broad institute の GSEA 内にあります。メールアドレスを登録することで閲覧が可能です。
MSigDB の遺伝子セットは、大きく分けて6つのコレクションから構成されています。
MSigDB の代表的な遺伝子セットとしては、c2 の論文から取得されたリストでしょう。論文に書かれた遺伝子群をキュレーターがチェックして、遺伝子セットとして登録しています。また、この中には、BioCarta, KEGG, Reactome など、パスウェイに関するリストも含まれています。また、 c5 には、GO から得られた遺伝子セットもあります。つまり、GSEA を行うと、パスウェイ解析もGO解析も同時に行えるといえます。（パスウェイの色づけはなく、アノテーションが最新とは限らないため、完全な代用にはなりませんが。）
> Subramanian, Tamayo, et al. (2005, PNAS 102, 15545-15550)
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) は、GO解析、パスウェイ解析、に並んで、よく用いられる解析手法の1つです。
後者の2つの解析は、原理的には、遺伝子発現が増加または減少した遺伝子群を多く含む「特定の遺伝子群」を探すというものでした。この「特定の遺伝子群」が、あるキーワードをアノテーションに持つ遺伝子群であったり（GO解析）、あるパスウェイに載っている遺伝子群であったり（パスウェイ解析）するわけです。
この「特定の遺伝子群」を「遺伝子セット (Gene Set)」として、あらかじめ準備しておき、増加または減少した遺伝子群が、どの「遺伝子セット」に多く含まれているかを調べるのが、Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) です。
例えば、GSEA の遺伝子セットには、「stem cell で発現が増加していた遺伝子群」があります。これは論文 (Pubmed 12228720) の情報をもとに作成された遺伝子セットです。このような遺伝子セットは、キュレーターによって登録されており、Molecular Signatures Database (MSigDB) と呼ばれるデータベースとして公開されています。
GSEA の利用、MSigDB の閲覧には、メールアドレスの登録が必要です。
> Subramanian,Tamayo, et al. (2005, PNAS 102, 15545-15550) and Mootha, Lindgren, et al. (2003, Nat Genet 34, 267-273).