今回も、引き続き、マイクロアレイ解析結果をLinuxコマンドを用いて簡単に操作する方法を紹介していきたいと思います。今回は、行の整列に関する操作を扱いたいと思います。
データの昇順/降順の並べ替えは、データのチェック時に良く使用すると思いますが、
他の機能と組合わせて使うと効果なチェックを行ったり、形式を整えたりする事ができます。
使い方
sort data.txt または cat data.txt | sort
# タブ(\t)区切りのテキストファイルを、先頭列をキーにして昇順ソートします。
# 他にも、キーに使用するフィールドの指定や昇順/降順の指定などができます。
サンプル> $ cat sorttest.txt orange 100 apple 150 banana 90 grape 300 melon 400 apple 150
# 単純なソート $ cat sorttest.txt | sort apple 150 apple 150 banana 90 grape 300 melon 400 orange 100
# 重複チェックと組み合わせ1(重複を除外) $ cat sorttest.txt | sort | uniq apple 150 banana 90 grape 300 melon 400 orange 100
# 重複チェックと組み合わせ2(重複のみ抽出)
$ cat sorttest.txt | sort | uniq -d
apple 150