シグナル値ではなく、ratio でヒートマップを書いて、変動パターンにをチェックすることもあります。
ratio のヒートマップ
シグナル値ではなく、ratio を用いたヒートマップの例を示します。データとしては、解析例1の3つの比較において、いずれかの比較で変動のあった遺伝子（約2678個）だけを用いています。
左から、3つの比較(ratio1, ratio2, ratio3) を並べています。ratio1 = sample1/control1, ratio2=sample2/control2, ratio3=sample3/control3 となります。
色付けは、ratio < 0.5 を明るい緑、ratio > 2 が明るい赤になるようにしています。
また、図は全体が見えやすいようにリサイズしています。
シグナル値を用いた場合のヒートマップと異なり、ヒートマップにコントロールは表示されません。3列とも赤であれば、3つの比較において、共通に増加した遺伝子だと分かります。逆に3列とも緑であれば、共通に減少した遺伝子です。
変動パターンをチェックしやすい反面、計算していない比較の組み合わせ（例えば、sample2 と sample3 ではどちらが高いか）は読み取るのが難しい場合があります。
参考
