ratio のヒートマップで変動パターンをチェックする

シグナル値ではなく、ratio でヒートマップを書いて、変動パターンにをチェックすることもあります。

ratio のヒートマップ

シグナル値ではなく、ratio を用いたヒートマップの例を示します。データとしては、解析例1の3つの比較において、いずれかの比較で変動のあった遺伝子(約2678個)だけを用いています。

左から、3つの比較(ratio1, ratio2, ratio3) を並べています。ratio1 = sample1/control1, ratio2=sample2/control2, ratio3=sample3/control3 となります。

色付けは、ratio < 0.5 を明るい、ratio > 2 が明るいになるようにしています。

また、図は全体が見えやすいようにリサイズしています。

ratio のヒートマップ。遺伝子方向にクラスタリングを適用。
ratio のヒートマップ。遺伝子方向にクラスタリングを適用。

シグナル値を用いた場合のヒートマップと異なり、ヒートマップにコントロールは表示されません。3列ともであれば、3つの比較において、共通に増加した遺伝子だと分かります。逆に3列ともであれば、共通に減少した遺伝子です。

変動パターンをチェックしやすい反面、計算していない比較の組み合わせ(例えば、sample2 と sample3 ではどちらが高いか)は読み取るのが難しい場合があります。

参考

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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