増加を ratio > 1.5 で判定したとき、減少は ratio < ??

ratio (=fold-change) > “2” と増加を判定したときは、対応する減少の判定は ratio < “0.5” となるでしょう。では、 ratio > “1.5” と判定したときは、対応する減少の判定は、いくつになるでしょう?

値は 1.5/2 = 0.75 倍になっています。よって、0.5 x 0.75 = 0.375 ???

この話は、log2変換してから (logFC) のほうが分かりやすいかもしれません。「ratio > 2 または ratio < 0.5」 これを logFC にすると次のようになります。

「logFC > 1 または logFC < -1」(絶対値の記号"||"を使うと |logFC| > 1)

ここで “1” は log2(2) です。”-1″ は log2(0.5) ですが、マイナスlog2(2) とも書けます。つまり、log2(1.5) に対応するのは、マイナスlog2(1.5ということです。

logFC の値を ratio に変換 (unlog2) するには、「2のlogFC乗」を計算します。

> 2^1 # 2の1乗は2です。
> 2^(-1) # 2の-1乗は0.5です。

したがって、ratio < ?? に対応する値は、2のマイナスlog2(1.5)乗を計算します。

> 2^(-log2(1.5)) # 0.6666667

答えは ratio < 0.66 です。

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター、主任研究員。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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