ヒートマップの色づけ (6): 中央値からの距離とシグナル値の関係

log変換した後、さらに、中央値(または平均値でも可)の距離に変換することで、コントロール群と実験群の差が見えやすくなります。このとき、もとのシグナル値との関係はどうなっているでしょうか?

中央値からの距離に変換したヒートマップ。
中央値からの距離に変換したヒートマップ。

シグナル値が異なる複数の遺伝子を色づけ

上記は、2つの遺伝子のシグナル値を、中央値からの距離に変換して色付けした場合の例です。中央値は、それぞれの遺伝子ごとに算出します。つまり、 Gene A の中央値は、4.5 であり、 Gene B の中央値は、9.5 です。それぞれの中央値を使って、距離を求めます。

したがって、 Gene A の WT1 は、 4 – 4.5 = -0.5 となり、 Gene B の WT1 は、9 – 9.5 = -0.5 となります。同様にすべてのサンプルについて算出し、色づけします。凡例にあるように、色づけの基準は、1つで複数の遺伝子に対応できます。

結果として、どちらも WT は -0.5 、 KO は、 +0.5 となり、色づけは、 Gene A も Gene B も同じパターンになります。

もとのシグナル値の高低に注意

このように、中央値からの距離に変換した場合、コントロール群と実験群の差は分かりやすくなりますが、 各遺伝子のシグナル値の高低は分からなくなります。

よって、ヒートマップからは、一見、差があるように見えても、マイクロアレイデータからシグナル値を確認すると、低い部分の変化であることもあります。シグナル値が低い場合は、ノイズである可能性もあるので、重要な遺伝子であれば、ヒートマップの色だけで判断せずに、もとの数値をチェックした方がよいでしょう。

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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