ratio (fold-change) 1.5 は、 logFC でいくつ?

ratio (fold-change) が 2 のとき、 logFC は “1” です。では、ratio が 1.5 のとき、これは logFC でいうところのいくつなのでしょうか?

これは、ratio の2をlog2変換することで求めることができます。計算は下記のようになります。(統計処理ソフト “R” での計算方法です。)

> log2(2) # 結果は "1" になります。

よって、ratio 1.5 であれば、1.5をlog2変換します。

> log2(1.5) # 結果は "0.5849625" になります。

結果は、0.5849625 なので、logFC では 0.58 となります。(発現変動遺伝子を判定するときに用いるのであれば、少々甘く判定することが多いでしょう。)

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター、主任研究員。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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