log fold-change (=logFC or log ratio) の算出方法の確認（解答）

前投稿の解答です。WT と KO に、それぞれ具体的な値を入れてみると、分かりやすいかもしれません。

たとえば、WT = 128, KO = 256 であったとします。ratio = KO/WT なので、 256/128 = 2 となり、通常の ratio は、2 です。つまり、2倍に増加したことになります。では、logFC では、どうでしょうか？

1. 先に log₂ 変換するので、式で書くと、 log₂(KO) / log₂(WT) となります。log₂(256) = 8, log₂(128) = 7 なので、logFC = 8/7 = 1.142 ?? 間違いです。
2. 後で log₂ 変換するので、式で書くと、 log₂(KO/WT) となります。 log₂(256/128) = log₂(2) = 1 で、正しいです。
3. log₂ 変換してから、差をとります。式では、 log₂(KO) – log₂(WT) となります。log₂(256) – log₂(128) = 8-7 = 1 で、これも正しいです。
4. 先に差をとってから、log₂ 変換するので、 log₂(KO – WT) と書けます。log₂(256 – 128) = log₂ (128) = 7 ?? 間違いです。
5. WT = 128, KO = 256 なら、logFC = 2 ?? WT = 256, KO = 128 なら logFC = -2 ?? 間違いです。

正解は、 2. と 3. です。どちらの計算方法でもよいのですが、log₂変換されていれば、割り算ではないことに注意が必要です。

計算に用いているシグナル値が、log₂変換された値 (log₂-transformed) なのか、log₂変換されていない値 (non-log) かを確認しておきましょう。