ratioのヒストグラム

シグナル値そのものを書く以外に、ヒストグラムには便利な使い方があります。それは、ratio のヒストグラムです。まず、2サンプルのシグナル値から、ratio を計算します。対応するプローブ(遺伝子)ごとに、実験群のシグナル値をコントロールのシグナル値で割ることで算出できます。そして、シグナル値の代わりに、算出された ratio でヒストグラムを作成してみましょう。横軸に ratio の大きさ、縦軸に一定の区間のratioとなる遺伝子の個数を表します。また、横軸は対数目盛とします。シグナル値の場合と異なり、ratioのヒストグラムの形状としては、真ん中に高い山があり、左右の端にかけて、低くなる形状となります。

ratio のヒストグラム

真ん中の山は、ratio が1に近いことを表します。左右に分布しているのは、ratio が1以上、または、1以下ということですから、どちらかのサンプルでシグナル値が高いか、または低いということです。真ん中の山が高いことから、ほとんどの遺伝子で ratio が1付近、つまり、発現変動していない、ということが分かります。また、左右につれて山が低くなることから、大きく増減する遺伝子ほど、存在する数が少ないということが分かります。

さらに、真ん中付近の山の度数を足すと、どれくらいの遺伝子が発現変動していないか分かります。サンプルにも依りますが、ほとんどのケースで、3万個以上の遺伝子において、発現変動が見られない(0.5 < ratio < 2)ことが多いです。発現変動したと判定される遺伝子は、たかだか数千個です。

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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