MSigDB からの遺伝子セットの取得

MSigDB から遺伝子セットを検索して、取得する方法を紹介します。

(1) “Search” をクリックして、遺伝子セットの検索を行います。

遺伝子セットの検索。
遺伝子セットの検索。

(2) メールアドレスを登録(入力)して、ログインします。

メールアドレスを入力してログイン。
メールアドレスを入力してログイン。

(3) 検索画面が表示されるので、検索したいキーワードを入力し、Search ボタンをクリックします。右側の項目を選択することで、情報の種類や生物種でフィルターをかけることもできます。

遺伝子セットの検索画面。
遺伝子セットの検索画面。

(4) 検索結果に、見つかった遺伝子セットの一覧が表示されます。リンクをクリックすることで、詳細を表示します。#genes に表示されている数字は、遺伝子セットに含まれる遺伝子の個数を意味しています。

遺伝子セットの検索結果の一覧。
遺伝子セットの検索結果の一覧。

(5) 検索結果の詳細には、元になった論文の情報などが表示されます。なかほどの “Download gene set” の項目から、遺伝子セットをダウンロードできます。遺伝子セットは、複数のフォーマットで用意されています。”text”形式が最もシンプルです。この検索結果の詳細では、画面下の “Show members” の項目をクリックすることで、遺伝子セットを表示して確認することもできます。

遺伝子セットの検索結果の詳細。遺伝子セットをダウンロードできる。
遺伝子セットの検索結果の詳細。遺伝子セットをダウンロードできる。

追記

なぜか、トップ画面の “Search” から検索した結果と、同画面の “Browse” から検索した結果が異なるようです(2012年12月現在)。 例は、 “stemness” で検索した結果ですが、”Search” から検索した場合がたくさんヒットしました。しかし、 “Browse” から検索しないと表示されない遺伝子セットもありました。

 

クラスタリング結果の反転 (MeV)

MeV でクラスタリング図を作成した際に、ツリーの左右が入れ替わってほしいことがあります。例えば、下図のような結果になったとして、左側に緑色(減少している遺伝子)、右側に赤色(増加している遺伝子)になっていたほうがよかったとします。

clustering result
クラスタリングの結果の例。

(1) 表示を入れ替えるには、まず、入れ替えたいツリーをクリックして選択します。ツリーの選択された部分は、ピンクにハイライトされます。

select tree
ツリーの選択。

(2) ツリーが選択された状態で、ツリーを右クリックすると、メニューが表示されます。そのメニューから、 “Rotate Selected Node” を選びます。

rotate selected node
右クリックメニューから選択。

これで表示が反転された結果が得られます。

rotate result
反転された結果。

ただし、あくまで見た目の問題であることにご注意ください。ツリーの計算結果をコントロールする処理ではありません。

 

GeneMANIA のレポートとオプション

GeneMANIA で検索した結果を保存するには、File メニューから、”Create report” を選択します。印刷用の画面になるので、そのまま印刷したり、PDFとして保存することができます。

Create report
Create report を選択して、レポート形式で表示できます。

また、GeneMANIA の検索結果は、標準では20個の遺伝子しか表示されません。これは、 “Show advanced options” をクリックして表示されるオプションから変更することが可能です。最大100個まで拡張できます。

show advanced options
オプションから、表示する遺伝子の数を変更できます。
 

GeneMANIA

ある遺伝子について研究していて、「その遺伝子に何らかの関連が報告されている遺伝子をまとめて知りたい」と思ったことはないでしょうか?それをネットワークの図で表してくれるツールが GeneMANIA です。

GeneMANIA
GeneMANIA で検索する例。

トップの画面から、生物種を選択し、遺伝子名を入力するだけで、関連する遺伝子の情報がネットワークの図とともに得られます。データとしては、マイクロアレイデータによる共発現の情報や、Protein-Protein Interaction (PPI) の情報、  BioGRID など、さまざまな情報が元になっています。

GeneMANIA
GeneMANIA のネットワーク図。

どの種類の情報による関係(線)かは、線の色から知ることができます。機械的に生成された情報なので、これまでに知られている関係が整理されて、まとめられているわけではありませんが、便利なツールだと思います。

 

Reference Expression Dataset (RefEx)

「特定の組織で発現している遺伝子を知りたい」と思ったことはないでしょうか?そのようなときは、データベース RefEx を使うと、調べることができます。

まず、生物種をクリックして選択します。ヒト、マウス、ラットのデータから選択できます。次に、臓器をクリックして選択すると、その臓器で発現している遺伝子が表示されます。Evidence となるデータは、EST, GeneChip (マイクロアレイ), CAGE, RNA-seq があるようです。

RefEx
RefEx で検索する手順。