データベース – ページ 3 – 遺伝子発現解析（マイクロアレイ解析, RNA-seq）

STRING

STRING は、タンパク質間相互作用 (Protein-Protein Interaction: PPI) のデータベースです。STRING も GeneMANIA のようにネットワーク図を得ることができます。

使い方も同様です。(1) タンパク名を入力し、(2) 生物種を選択、 (3) GO ! をクリックするだけです。

ネットワーク図が表示されます。タンパク質をつなぐ線は、色によって、どの情報由来か示されています。例えば、黄緑色は、Textmining によって得られた関係を示します。

視覚的なネットワーク図を得られますが、GeneMANIAと比べると、ネットワークの情報量は少なめでしょうか。（＋のアイコンをクリックして、拡張することもできます。）

* STRING v9.1: protein-protein interaction networks, with increased coverage and integration, Nucl. Acids Res. (1 January 2013) 41 (D1): D808-D815. doi: 10.1093/nar/gks1094

COXPRESdb: 共に発現している遺伝子のデータベース

いろいろな組織において、共に発現している遺伝子を調べたデータベースがあります。それが COXPRESdb です。

遺伝子名で検索することで、その遺伝子と共に発現していることが多い遺伝子の一覧が取得できます。また、それらの関係をネットワーク図として見ることもできます。

COXPRESdb example — 検索結果の例。MDM4と共に発現が見られる遺伝子の情報。

もとになる情報は、GEOに公開されたマイクロアレイデータが中心となっています。また、共に発現している遺伝子の情報に加え、タンパク間相互作用 ( Protein-Protein Interaction) の情報も付加され、確認できるようになっています。

> Obayashi T, Hayashi S, Shibaoka M, Saeki M, Ohta H, Kinoshita K. (2008) COXPRESdb: a database of coexpressed gene networks in mammals. Nucleic Acids Res. 36, D77-D82.

マイクロアレイ解析の日本語の情報

マイクロアレイ解析についての情報やデータベースは、NCBI や DAVID など海外のものが多いですが、日本語の情報もあります。

「ライフサイエンス統合データベースプロジェクト」は、日本におけるライフサイエンスの情報を収集したものです。かなりの情報量のため、どこから見てよいものか迷ってしまうかもしれません。

このうちの一つのコンテンツである「統合tv」は、解析ソフトの使い方などを動画で紹介しています。GEOに関する解説も公開されています。