パスウェイやネットワークに含まれる情報のうち、上流解析に利用できる情報は、下記の4つに分類されます。それぞれの情報は、由来となるデータと、制御関係の方向、構成する要素(遺伝子なのかタンパクなのか)という点で、性質や入手方法が異なります。また、情報の入手しやすさも違います。これらの情報を含むパスウェイまたはネットワークを利用することで、上流解析の情報の制約をクリアできます。
- タンパク間相互作用(PPI)
- 遺伝子発現制御
- 共発現
- 文献情報
パスウェイやネットワークに含まれる情報のうち、上流解析に利用できる情報は、下記の4つに分類されます。それぞれの情報は、由来となるデータと、制御関係の方向、構成する要素(遺伝子なのかタンパクなのか)という点で、性質や入手方法が異なります。また、情報の入手しやすさも違います。これらの情報を含むパスウェイまたはネットワークを利用することで、上流解析の情報の制約をクリアできます。
STRING は、タンパク質間相互作用 (Protein-Protein Interaction: PPI) のデータベースです。STRING も GeneMANIA のようにネットワーク図を得ることができます。
使い方も同様です。(1) タンパク名を入力し、(2) 生物種を選択、 (3) GO ! をクリックするだけです。
ネットワーク図が表示されます。タンパク質をつなぐ線は、色によって、どの情報由来か示されています。例えば、黄緑色は、Textmining によって得られた関係を示します。
視覚的なネットワーク図を得られますが、GeneMANIAと比べると、ネットワークの情報量は少なめでしょうか。(+のアイコンをクリックして、拡張することもできます。)
* STRING v9.1: protein-protein interaction networks, with increased coverage and integration, Nucl. Acids Res. (1 January 2013) 41 (D1): D808-D815. doi: 10.1093/nar/gks1094