上流解析に利用できる情報

パスウェイやネットワークに含まれる情報のうち、上流解析に利用できる情報は、下記の4つに分類されます。それぞれの情報は、由来となるデータと、制御関係の方向、構成する要素(遺伝子なのかタンパクなのか)という点で、性質や入手方法が異なります。また、情報の入手しやすさも違います。これらの情報を含むパスウェイまたはネットワークを利用することで、上流解析の情報の制約をクリアできます。

  1. タンパク間相互作用(PPI)
  2. 遺伝子発現制御
  3. 共発現
  4. 文献情報

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STRING

STRING は、タンパク質間相互作用 (Protein-Protein Interaction: PPI) のデータベースです。STRING GeneMANIA のようにネットワーク図を得ることができます。

使い方も同様です。(1) タンパク名を入力し、(2) 生物種を選択、 (3) GO ! をクリックするだけです。

STRING: タンパク質間相互作用のデータベース。
STRING: タンパク質間相互作用のデータベース。

ネットワーク図が表示されます。タンパク質をつなぐ線は、色によって、どの情報由来か示されています。例えば、黄緑色は、Textmining によって得られた関係を示します。

ANXA5 で検索した例。
ANXA5 で検索した例。

視覚的なネットワーク図を得られますが、GeneMANIAと比べると、ネットワークの情報量は少なめでしょうか。(+のアイコンをクリックして、拡張することもできます。)

ネットワーク図の例。
ネットワーク図の例。

* STRING v9.1: protein-protein interaction networks, with increased coverage and integration, Nucl. Acids Res. (1 January 2013) 41 (D1): D808-D815. doi: 10.1093/nar/gks1094