GeneMANIA で検索した結果を保存するには、File メニューから、”Create report” を選択します。印刷用の画面になるので、そのまま印刷したり、PDFとして保存することができます。
また、GeneMANIA の検索結果は、標準では20個の遺伝子しか表示されません。これは、 “Show advanced options” をクリックして表示されるオプションから変更することが可能です。最大100個まで拡張できます。
投稿者: Atsushi Doi
株式会社セルイノベーター、主任研究員。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。
GeneMANIA
ある遺伝子について研究していて、「その遺伝子に何らかの関連が報告されている遺伝子をまとめて知りたい」と思ったことはないでしょうか？それをネットワークの図で表してくれるツールが GeneMANIA です。
トップの画面から、生物種を選択し、遺伝子名を入力するだけで、関連する遺伝子の情報がネットワークの図とともに得られます。データとしては、マイクロアレイデータによる共発現の情報や、Protein-Protein Interaction (PPI) の情報、 BioGRID など、さまざまな情報が元になっています。
どの種類の情報による関係（線）かは、線の色から知ることができます。機械的に生成された情報なので、これまでに知られている関係が整理されて、まとめられているわけではありませんが、便利なツールだと思います。
Reference Expression Dataset (RefEx)
「特定の組織で発現している遺伝子を知りたい」と思ったことはないでしょうか？そのようなときは、データベース RefEx を使うと、調べることができます。
まず、生物種をクリックして選択します。ヒト、マウス、ラットのデータから選択できます。次に、臓器をクリックして選択すると、その臓器で発現している遺伝子が表示されます。Evidence となるデータは、EST, GeneChip （マイクロアレイ）, CAGE, RNA-seq があるようです。
マイクロアレイ解析の日本語の情報
マイクロアレイ解析についての情報やデータベースは、NCBI や DAVID など海外のものが多いですが、日本語の情報もあります。
「ライフサイエンス統合データベースプロジェクト」は、日本におけるライフサイエンスの情報を収集したものです。かなりの情報量のため、どこから見てよいものか迷ってしまうかもしれません。
このうちの一つのコンテンツである「統合tv」は、解析ソフトの使い方などを動画で紹介しています。GEOに関する解説も公開されています。
Broad-Novartis Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)
CCLE プロジェクトという、がんのセルラインのデータを収集するプロジェクトがあります。 Broad Institute を中心に行われており、得られたデータが公開されています。 現在、CNV, SNP と mRNA のマイクロアレイデータが公開されています。mRNA のマイクロアレイデータとしては、1000サンプルに近いデータがあります。raw データで 4.7GB と巨大ですが、ダウンロードすれば独自に解析することも可能です。このデータは、 GEO にも
GPL15308 として登録されています。
