ggplot2: バイオリンプロット (geom_violin)

データ数が多い場合、データの分布が見るときに、バイオリンプロット geom_violin() を使います。バイオリンプロットでは、データの分布が分布曲線の波形で表示されるので、どの区間に多くデータが存在しているか確認できます。データの分布が内部で大きく2つに分かれているようなケースではも、文字通りバイオリンの形になります。

geom_violin(trim = FALSE)

波形の上端と下端が切り取られたイメージにしたくない場合は、オプションで trim = FALSE を指定します。プロットするためのデータは、 geom_boxplot(), geom_dotplot() と同じです。（例のオブジェクトg までは同じ。）

input_data <- tibble("Sample1" = rnorm(100),
                     "Sample2" = rnorm(100))

plot_data <- input_data %>%
  gather(Sample1, Sample2, key = "sample", value = "read_count")

g <- ggplot(plot_data, aes(x = sample, y = read_count))
g + geom_violin(trim = FALSE)

また、ggplot2 は、プロットを重ねて書くこともできます。 geom_violin() + geom_dotplot() とすることで、バイオリンプロットにドットプロットを重ねて表示できます。

g + geom_violin(trim = FALSE) +
  geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "center", binwidth = 0.1)